Sobotňajšiu kvalifikáciu na Veľkú cenu Valencie, posledné podujatie seriálu MS cestných motocyklov 2006, vyhral taliansky obhajca titulu Valentino Rossi. Do nedeľňajších pretekov tak vyštartuje z prvej pozície. Druhý v poradí sa na štartový rošt postaví Austrálčan Troy Bayliss na Ducati a z tretieho miesta vyrazí v nedeľu krátko popoludní jeho tímový kolega Loris Capirossi. Hlavný rival Rossiho v boji o titul Američan Nicky Hayden si vybojoval na štarte piatu pozíciu.