K už existujúcim modelom FJR1300A a FJR1300AS pribudne od roku 2014 tretia verzia s označením FJR1300AE. Yamaha sa rozhodla ponúknuť systém elektronicky nastaviteľného pruženia aj zákazníkom, ktorí preferujú motocykel s manuálnym radením. Až doteraz bol tento systém len súčasťou vrcholnej verzie FJR1300AS, ktorá je vybavená automatickou bezspojkovou prevodovkou. Použitie tohto systému na novej verzii si vyžiadalo menšie úpravy na podvozku v podobe použitia prednej vidlice typu upside down, ktorá je rovnaká ako na verzii s automatickou prevodovkou.
Elektronicky nastaviteľný systém pruženia ponúka jazdcovi jednoduchý systém nastavenia pruženia, keď si tlačidlom na riadidlách zvolí jednu zo štyroch možností nastavenia podvozku (sólo jazdec, sólo jazdec + batožina, jazdec + spolujazdec, jazdec + spolujazdec + batožina). Následné si môže zvoliť tuhosť tohto nastavenia (soft, standard, hard). Jazdec má tak k dispozícii až 12 rôznych predprogramovaných nastavení pruženia. Samozrejme jazdec si môže vytvoriť aj vlastné nastavenie.
Yamaha predstavila novú verziu športovo-turistického modelu FJR1300